MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia trachomatis A/363 plasmid pA363

Total Repeats: 151

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019272	A	6	6	257	262	100 %	0 %	0 %	0 %	410686363
2	NC_019272	AT	3	6	476	481	50 %	50 %	0 %	0 %	410686363
3	NC_019272	T	6	6	522	527	0 %	100 %	0 %	0 %	410686363
4	NC_019272	T	8	8	580	587	0 %	100 %	0 %	0 %	410686363
5	NC_019272	ATTG	2	8	632	639	25 %	50 %	25 %	0 %	410686363
6	NC_019272	T	6	6	693	698	0 %	100 %	0 %	0 %	410686363
7	NC_019272	A	7	7	726	732	100 %	0 %	0 %	0 %	410686363
8	NC_019272	AAC	2	6	851	856	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	410686363
9	NC_019272	TC	3	6	1001	1006	0 %	50 %	0 %	50 %	410686363
10	NC_019272	GT	4	8	1018	1025	0 %	50 %	50 %	0 %	410686363
11	NC_019272	TCT	2	6	1147	1152	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	410686364
12	NC_019272	TCT	2	6	1164	1169	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	410686364
13	NC_019272	ATC	2	6	1194	1199	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410686364
14	NC_019272	GA	3	6	1333	1338	50 %	0 %	50 %	0 %	410686364
15	NC_019272	CCA	2	6	1363	1368	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	410686364
16	NC_019272	TAA	2	6	1456	1461	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	410686364
17	NC_019272	TCTG	2	8	1470	1477	0 %	50 %	25 %	25 %	410686364
18	NC_019272	GAAA	2	8	1496	1503	75 %	0 %	25 %	0 %	410686364
19	NC_019272	TTG	2	6	1511	1516	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	410686364
20	NC_019272	CCT	2	6	1566	1571	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	410686364
21	NC_019272	T	8	8	1612	1619	0 %	100 %	0 %	0 %	410686364
22	NC_019272	AGGA	2	8	1629	1636	50 %	0 %	50 %	0 %	410686364
23	NC_019272	A	6	6	1688	1693	100 %	0 %	0 %	0 %	410686364
24	NC_019272	TGC	2	6	1784	1789	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410686364
25	NC_019272	AAG	2	6	1816	1821	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	410686364
26	NC_019272	T	6	6	1838	1843	0 %	100 %	0 %	0 %	410686364
27	NC_019272	GATTA	2	10	1856	1865	40 %	40 %	20 %	0 %	410686364
28	NC_019272	A	6	6	1932	1937	100 %	0 %	0 %	0 %	410686364
29	NC_019272	TGTT	2	8	1962	1969	0 %	75 %	25 %	0 %	410686364
30	NC_019272	ATA	2	6	1989	1994	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	410686364
31	NC_019272	TGC	2	6	2097	2102	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410686364
32	NC_019272	GTT	2	6	2274	2279	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	410686365
33	NC_019272	CAT	2	6	2356	2361	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410686365
34	NC_019272	GCG	2	6	2442	2447	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410686365
35	NC_019272	ATG	2	6	2492	2497	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	410686365
36	NC_019272	GAT	2	6	2545	2550	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	410686365
37	NC_019272	GT	3	6	2557	2562	0 %	50 %	50 %	0 %	410686365
38	NC_019272	GAA	2	6	2569	2574	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	410686365
39	NC_019272	AT	3	6	2732	2737	50 %	50 %	0 %	0 %	410686365
40	NC_019272	A	8	8	2772	2779	100 %	0 %	0 %	0 %	410686365
41	NC_019272	AGC	2	6	2784	2789	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410686365
42	NC_019272	TTCT	2	8	2808	2815	0 %	75 %	0 %	25 %	410686365
43	NC_019272	TGA	2	6	2847	2852	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	410686365
44	NC_019272	AGC	2	6	2892	2897	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410686365
45	NC_019272	TTG	2	6	3008	3013	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	410686365
46	NC_019272	ATT	2	6	3019	3024	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	410686365
47	NC_019272	TC	3	6	3069	3074	0 %	50 %	0 %	50 %	410686365
48	NC_019272	AGA	2	6	3078	3083	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	410686365
49	NC_019272	ATT	2	6	3084	3089	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	410686365
50	NC_019272	AGA	2	6	3096	3101	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	410686365
51	NC_019272	TTAAT	2	10	3161	3170	40 %	60 %	0 %	0 %	410686365
52	NC_019272	AGA	2	6	3198	3203	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	410686365
53	NC_019272	AT	3	6	3284	3289	50 %	50 %	0 %	0 %	410686365
54	NC_019272	GTTT	2	8	3334	3341	0 %	75 %	25 %	0 %	410686365
55	NC_019272	AGGA	2	8	3454	3461	50 %	0 %	50 %	0 %	410686365
56	NC_019272	TCT	2	6	3466	3471	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	410686365
57	NC_019272	A	6	6	3565	3570	100 %	0 %	0 %	0 %	410686365
58	NC_019272	TCA	2	6	3598	3603	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410686366
59	NC_019272	GAA	2	6	3637	3642	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	410686366
60	NC_019272	TTTC	2	8	3714	3721	0 %	75 %	0 %	25 %	410686366
61	NC_019272	AGC	2	6	3740	3745	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410686366
62	NC_019272	GGAT	2	8	3834	3841	25 %	25 %	50 %	0 %	410686366
63	NC_019272	AAG	2	6	3934	3939	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	410686366
64	NC_019272	TAG	2	6	4030	4035	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	410686366
65	NC_019272	GAA	2	6	4098	4103	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	410686366
66	NC_019272	ATATAG	2	12	4105	4116	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	410686366
67	NC_019272	CAG	2	6	4303	4308	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410686366
68	NC_019272	TTA	2	6	4362	4367	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	410686366
69	NC_019272	AACGTT	2	12	4368	4379	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	410686366
70	NC_019272	AT	3	6	4391	4396	50 %	50 %	0 %	0 %	410686366
71	NC_019272	A	7	7	4434	4440	100 %	0 %	0 %	0 %	410686366
72	NC_019272	AGA	2	6	4497	4502	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	410686366
73	NC_019272	TTC	2	6	4523	4528	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	410686366
74	NC_019272	CT	3	6	4533	4538	0 %	50 %	0 %	50 %	410686366
75	NC_019272	A	6	6	4539	4544	100 %	0 %	0 %	0 %	410686366
76	NC_019272	TAAA	2	8	4558	4565	75 %	25 %	0 %	0 %	410686366
77	NC_019272	GAA	2	6	4575	4580	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	410686366
78	NC_019272	ATTA	2	8	4629	4636	50 %	50 %	0 %	0 %	410686366
79	NC_019272	ATA	2	6	4751	4756	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	410686367
80	NC_019272	AAT	2	6	4797	4802	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	410686367
81	NC_019272	ACA	2	6	4810	4815	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	410686367
82	NC_019272	AAT	2	6	4873	4878	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	410686367
83	NC_019272	TCA	2	6	4879	4884	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410686367
84	NC_019272	TTG	2	6	4985	4990	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	410686367
85	NC_019272	ATA	2	6	4991	4996	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	410686367
86	NC_019272	TTG	2	6	5044	5049	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	410686367
87	NC_019272	AAC	2	6	5059	5064	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	410686367
88	NC_019272	TAA	2	6	5076	5081	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	410686367
89	NC_019272	AGG	2	6	5130	5135	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	410686367
90	NC_019272	CAG	2	6	5195	5200	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410686367
91	NC_019272	ATT	2	6	5203	5208	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	410686367
92	NC_019272	GGC	2	6	5224	5229	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	410686367
93	NC_019272	GTT	2	6	5230	5235	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	410686367
94	NC_019272	TCA	2	6	5290	5295	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410686367
95	NC_019272	CAA	2	6	5351	5356	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	410686367
96	NC_019272	T	6	6	5460	5465	0 %	100 %	0 %	0 %	410686367
97	NC_019272	CAAA	2	8	5479	5486	75 %	0 %	0 %	25 %	410686367
98	NC_019272	AAAAG	2	10	5572	5581	80 %	0 %	20 %	0 %	410686368
99	NC_019272	TTA	2	6	5594	5599	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	410686368
100	NC_019272	A	6	6	5617	5622	100 %	0 %	0 %	0 %	410686368
101	NC_019272	CAA	2	6	5734	5739	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	410686368
102	NC_019272	ATT	2	6	5757	5762	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	410686368
103	NC_019272	A	6	6	5811	5816	100 %	0 %	0 %	0 %	410686368
104	NC_019272	T	6	6	5912	5917	0 %	100 %	0 %	0 %	410686369
105	NC_019272	GGA	2	6	5929	5934	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	410686369
106	NC_019272	ACA	2	6	5944	5949	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	410686369
107	NC_019272	A	6	6	5992	5997	100 %	0 %	0 %	0 %	410686369
108	NC_019272	TCT	2	6	6034	6039	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	410686369
109	NC_019272	ATCA	2	8	6111	6118	50 %	25 %	0 %	25 %	410686369
110	NC_019272	A	7	7	6129	6135	100 %	0 %	0 %	0 %	410686369
111	NC_019272	CAT	2	6	6158	6163	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410686369
112	NC_019272	AAC	2	6	6211	6216	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	410686369
113	NC_019272	ATA	2	6	6265	6270	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	410686369
114	NC_019272	CCTAG	2	10	6280	6289	20 %	20 %	20 %	40 %	410686369
115	NC_019272	AAG	2	6	6302	6307	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	410686369
116	NC_019272	TTG	2	6	6311	6316	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	410686369
117	NC_019272	TTGT	2	8	6332	6339	0 %	75 %	25 %	0 %	410686369
118	NC_019272	TTCTA	2	10	6357	6366	20 %	60 %	0 %	20 %	410686369
119	NC_019272	TCGG	2	8	6397	6404	0 %	25 %	50 %	25 %	410686369
120	NC_019272	GAA	3	9	6412	6420	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	410686369
121	NC_019272	GAT	2	6	6451	6456	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	410686369
122	NC_019272	TA	3	6	6478	6483	50 %	50 %	0 %	0 %	410686369
123	NC_019272	T	6	6	6515	6520	0 %	100 %	0 %	0 %	410686369
124	NC_019272	CAA	2	6	6521	6526	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	410686369
125	NC_019272	TCG	2	6	6531	6536	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410686369
126	NC_019272	TC	3	6	6544	6549	0 %	50 %	0 %	50 %	410686369
127	NC_019272	TCT	2	6	6558	6563	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	410686369
128	NC_019272	AGA	2	6	6567	6572	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	410686369
129	NC_019272	AGA	2	6	6609	6614	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	410686369
130	NC_019272	A	7	7	6701	6707	100 %	0 %	0 %	0 %	410686370
131	NC_019272	T	6	6	6720	6725	0 %	100 %	0 %	0 %	410686370
132	NC_019272	A	8	8	6726	6733	100 %	0 %	0 %	0 %	410686370
133	NC_019272	AAG	2	6	6759	6764	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	410686370
134	NC_019272	CTTC	2	8	6768	6775	0 %	50 %	0 %	50 %	410686370
135	NC_019272	ATT	2	6	6830	6835	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	410686370
136	NC_019272	GAA	2	6	6864	6869	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	410686370
137	NC_019272	AAG	2	6	6877	6882	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	410686370
138	NC_019272	CTT	2	6	6942	6947	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	410686370
139	NC_019272	A	6	6	6955	6960	100 %	0 %	0 %	0 %	410686370
140	NC_019272	CAA	2	6	7003	7008	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	410686370
141	NC_019272	AGTT	2	8	7027	7034	25 %	50 %	25 %	0 %	410686370
142	NC_019272	TCT	2	6	7047	7052	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	410686370
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144	NC_019272	AT	3	6	7145	7150	50 %	50 %	0 %	0 %	410686370
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.